In juni 1999 zijn in de notitie Waddeneilanden, verbonden door water, wad en samenleving (Bestuurlijke Organisatie van de Waddeneilanden, juni 1999) diverse knelpunten onderkend in de ambtelijke en bestuurlijke organisatie van de Waddeneilanden. Daarbij is onderscheid gemaakt tussen knelpunten op de korte termijn en knelpunten op de middellange termijn. Deze Waddennotitie is voor een deel een reactie op de Beleidsnotitie gemeentelijke herindeling (november 1998) van de (toenmalige) minister van Binnenlandse Zaken. Hierin geeft hij aan dat gemeenten een "minimum aan basiskwaliteit moeten leveren". Het kabinet-Kok II koos voor voortzetting van het beleid van geleidelijke aanpassing van de bestuurlijke organisatie, zoals de afgelopen decennia vorm heeft gekregen (overigens, zo kan men daarbij opmerken, lijkt deze aanpassing vooral tegen wil en dank geleidelijk te zijn verlopen). Tegelijkertijd stelde het kabinet dat wanneer eenmaal is besloten tot het in gang zetten van een proces van herindeling, de snelle voortgang daarvan vervolgens meer aandacht behoeft. In het kader van het herindelingsbeleid gelden twee prioriteiten:
1. Versterking van de centrumgemeenten;
2. Versterking van (te) kleine gemeenten.
In de notitie Waddeneilanden, verbonden door water, wad en samenleving, geschreven door de gemeentesecretarissen van de eilanden, zijn elf 'oplossingsalternatieven' opgenomen voor het ondervangen van de bestuurlijke en ambtelijke knelpunten. Deze oplossingsrichtingen variëren van 'laten zoals het is' tot één Waddengemeente met vijf deelraden. In de nota De Waddeneilanden samen sterk hebben de colleges van B & W van de Waddeneilanden uit deze elf alternatieven, een keuze gemaakt voor twee opties. Er is gekozen voor enerzijds het intensiveren van de samenwerking tussen de Waddeneilanden en anderzijds het opwaarderen van de gemeentelijke organisaties op de eilanden. Gemeentelijke herindeling is nadrukkelijk van de hand gewezen. De gemeenteraden zijn met deze lijn akkoord gegaan.
Het dagelijks bestuur van het Overleg Orgaan Waddeneilanden wilde door middel van een extern onderzoek een 'second opinion'. Deze is verricht door Pro Facto. De volgende punten kwamen daarbij aan de orde:
1. Een oordeel over de validiteit van de twee hiervoor genoemde notities alsmede van een rapport van de provincie Friesland over intergemeentelijke samenwerking.
2. Een nader rapport over zowel ambtelijke vormen van samenwerking als een doorvertaling van bestuurlijke samenwerkingsmogelijkheden.
3. Een schets van de vervolgprocedure, zowel binnen het verband van het OOW als ook binnen de vijf gemeentelijke besluitvormingsorganen.
